上一部結尾尼奧（基奴李維斯 飾）終于意識到自己的能力和使命中彈復活后變成了無所不能的“救世主”他和女友崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾）艦長墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）回到了人類的基地錫安受到人們的熱烈歡迎　　此時“母體”決定先下手為強派出了兩萬五千只電子烏賊攻擊錫安基地；墨菲斯、尼奧和崔妮蒂則再次進入“母體”尋找“制鑰者”準備從內部破壞；而本該被尼奧消滅的特勤史密斯似乎出了點問題脫離了“母體”的控制擁有可怕的復制能力阻礙尼奧他們的行動